شاید بعضی ها بگویند معماری گذشته ما عملاً به ساخت بناهای مذهبی و کاخها محدود می شود. اما در همین معماری آنقدر رمز و زار و نکات ظریف نهفته است که دانستن تمامی آن شاید به اندازه همه عمر شما طول بکشد.
حرفها و نکته هایی که در هیچ کتاب و نوشته ای پیدا نمی شود. باید در فضا قرار گرفت تا درک کنی معمار ایرانی چه می کرده و چه می گفته است. معمار ایرانی کتاب نمی نویسد بلکه با معماری خود حرف می زند. وقتی سر ظهر یک روز تابستانی در گرمای طاقت فرسای کویری شهر کاشان وارد مسجد آقا بزرگ می شوی و دقیقه ای زیر گنبدخانه می نشینی ، احساس می کنی وارد بهشت شده ای. هوا آنقدر خنک و مطبوع است که دیگر هیچ چیز از آن گرمای سوزان به یادت نمی ماند.

مسجد مدرسه آقا بزرگ کاشان با اینکه در دوران قاجار و دوره انحطاط معماری ایران ساخته شده به حق یکی از شاهکارهای معماری ایران محسوب می شود. مساجد قدیمی ایران به دلیل تقدسی که برای مردم داشته اند اکثراً سالم مانده اند و هنوز مورد استفاده مردم قرار می گیرند. شاید همانند مسجد آقا بزرگ که هم مسجد است و هم مدرسه علوم دینی در حال حاضر در ایران یک یا دو نمونه بیشتر نباشد.
صرف نظر از ساختمان های نوساز کاشان ، گنبد عظیم دو مناره کاشی کاری شده مدرسه ، در حال حاضر نیز از بلندترین بناهای تاریخی شهر است.

گنبد با شکوه و زیبایی همراه با دو مناره، صحن، بادگیرها، فضای سبز و حجره هایی که یک طبقه پایین تر قرار دارند به طرز جالبی خود نمایی می کنند. در طبقه پایین حجره های طلاب و شبستان دلباز تابستانی قرار گرفته است. در حقیقت حیاط مرکزی این مسجد در دو طبقه ساخته شده و اصطلاحاً به این نوع حیاطها " گودال باغچه " می گویند که حیاط اصلی مسجد را که محل رفت و آمد عمومی مردم است را از حیاط مدرسه که محل زندگی طلاب است جدا می کند.

گنبد بزرگ دو پوش مسجد بر روی هشت جرز عظیم قرارگرفته است. گنبد دو پوسته دارد: یکی گنبد زیرین که بار و نیروی سقف را به جرزها منتقل می کند و دیگری گنبدی است که روی آن برای بزرگ جلوه دادن ظاهر و حفاظت از پوشش زیرین ساخته شده است.

زیر کنبدخانه از دو طرف باز است و جریان باد و سایه فضای بسیار مطبوعی را ایجاد می کنند. نورگیر های آجری بالای گنبد، آیات الهی منقوش دور تا دور بدنه و کار بندی های ظریف (یکی از انواع تزئینات سقف) ارتباط تنگاتنگی بین فضاهای گوناگون شبستان ،حیاط ،حجره ها و ... برقرار کرده اند.

بناهای کویری ایران را اصطلاحاً " درون گرا" می نامند. یعنی از بیرون شما هیچ تزیینی برای بنا نمی بینید یا عنصری شاخص که از اهمیت داخل آن خبر دهد، بلکه تمام زیبایی و عظمت داخل بنا نهفته است. ساختمان حیاطی مرکزی دارد که فضاها دور تا دور آن قرار گرفته اند. درست بر عکس ساختمان های مناطق معتدل شمالی ایران که " برون گرا " هستندو جلوه بیرونی ساختمان اهمیت بیشتری دارد.
در مناطق کویری حیاط مرکزی مسجد عبادت کنندگان را در مقابل گرمای محیط و تابش آفتاب محافظت می کند و حوض آب و آب پاشی صحن مسجد در تعدیل هوا بسیار موثر است.

دو بادگیر در قسمت ورودی مسجد قرار دارند که از زیر به سردابی در زیر مسجد راه دارند و هوای بسیار خنکی را در طول تابستان در زیر زمین مسجد ایجاد می کنند.
از پشت گنبد خانه پله هایی پایین می روند و به آبنبار مسجد راه دارند. این آبنبار ها که اغلب در کنار مساجد به عنوان یک بنای عام المنفعه ساخته می شدند همیشه آب خنک برای نماز گزاران را فراهم می کردند.
معمار ایرانی خصوصیات زندگی مردم را می شناخته ، آگاهی دقیقی از نحوه زندگی آنها و عقایدشان داشته و دقیقاً می دانسته چه چیزی باید بسازد. بنایی که با گذشت این همه سال هنوز پویایی خود را از دست نداده و هر روز مردم شهر را برای عبادت به سوی خود دعوت می کند.